San Felices se encuentra al noreste de la provincia de Soria, dentro de la zona denominada Tierras de Ágreda, en la encrucijada formada por las comunidades autónomas de Castilla y León (a la que pertenece), Aragón y La Rioja.
En la zona en que se ubica da comienzo la depresión del Valle del Ebro, es por ello, que el paisaje es un tanto peculiar, pues está rodeado por numerosos barrancos que vierten aguas al río Alhama, afluente del Ebro.
Tiene una extensión de 6700 hectáreas y dista de la capital soriana 52 kilómetros; su principal vía de acceso es a través de la N-122/N-234, por la que se circula durante unos 34,2 kilómetros, después hay que coger la SO-692 dirección Castilruiz, y, tras otros 16 kilómetros aproximadamente, la SO-691/SO-P-1120 que lleva hasta San Felices.
Su clima es muy seco, con precipitaciones que rondan los 350 litros por m2 anuales. Frío, sin excesos como lo muestra su vegetación, que no aguantaría las heladas de la meseta, y caluroso y seco en verano.
La escasez de precipitaciones condiciona mucho la vegetación existente, aunque gracias a la gran cantidad de manantiales que discurren por su término dan vida a su paso, creando una vegetación muy peculiar que no se da en el resto del territorio, arces, quejigos, serbales, chopos, sauces, nogales, fresnos, zarzamoros y frutales de toda clase.
En las zonas sin agua abunda la encina, el enebro, la sabina mora, especie por la cual el 90% del término ha sido declarada lugar de interés comunitario, la aulaga, el tomillo, el romero, salvia, manzanilla y orégano. En algunos puntos que reúnen las condiciones adecuadas se pueden encontrar ejemplares de orquídeas, sin olvidar que también es una buena zona para recolectar hongos y setas.
En cuanto a la fauna hay jabalíes, corzos, ciervos, zorros, tejones y gatos salvajes; la práctica totalidad del término de San Felices ha sido declarada zona de especial protección para las aves (ZEPA) pues se pueden encontrar buitres leonados, halcones, águilas perdiceras aguiluchos cenizos y rapaces nocturnas.
Su economía se basa principalmente en la albañilería, la agricultura y el sector forestal; antiguamente había muchos pastores de ovejas, que levantaban la economía de las gentes, pero en la actualidad solo queda uno.